Cependant, il existe certaines complexités :
* Œuvres perdues : Beaucoup de ses œuvres ont été perdues, détruites ou n’ont toujours pas été découvertes.
* Collaborations : Van Eyck a probablement collaboré avec son atelier, de sorte que certaines peintures qui lui sont attribuées pourraient avoir été exécutées par des assistants.
* Attributions : Certaines œuvres font débat parmi les historiens de l'art quant à savoir si elles ont été uniquement peintes par Van Eyck ou partiellement par son atelier.
Ainsi, même si nous avons une idée raisonnable de son œuvre survivante, le nombre réel de peintures qu’il a créées reste un mystère.