- Ses méthodes expérimentales n'étaient pas toujours rigoureuses. Il s’appuyait parfois sur des preuves anecdotiques et ne prenait pas toujours en compte les variables. Cela a conduit à ce que certaines de ses conclusions soient incorrectes.
- Il était parfois trop prompt à généraliser ses expériences. Il faisait souvent des déclarations radicales basées sur un nombre limité d’observations. Cela a conduit à une simplification excessive de certaines de ses théories.
- Il n'était pas toujours ouvert aux nouvelles idées. Il se montrait parfois réfractaire aux nouvelles théories qui contredisaient les siennes. Cela l'a empêché de faire des découvertes importantes.
Malgré ces faiblesses, Robert Boyle était un brillant scientifique qui a apporté d’importantes contributions à la science. Son travail a contribué à jeter les bases de la chimie et de la physique modernes.