- Moralité et utilité (1891) :Dans ce livre, Thomson soutient que la moralité est basée sur l'utilité, ou sur le principe de maximiser le bonheur et de minimiser la douleur. Il défend cette position contre diverses critiques, notamment l'accusation selon laquelle elle conduit à l'égoïsme et ne peut pas rendre compte de la signification morale de certaines actions.
- La théorie utilitaire du droit (1893) :Dans cet ouvrage, Thomson applique le principe d'utilité à la philosophie du droit. Il soutient que le droit devrait être conçu pour promouvoir le plus grand bonheur du plus grand nombre et que ce principe devrait être utilisé pour interpréter et évaluer les règles et décisions juridiques.
- Éthique politique (1895) :Dans ce livre, Thomson discute des fondements éthiques des institutions politiques. Il soutient que l’État est justifié en tant que moyen de promouvoir le bien-être humain et que la meilleure forme de gouvernement est celle qui atteint le plus efficacement cet objectif.
- Le problème du mal (1910) :Dans cet ouvrage, Thomson aborde la question de savoir pourquoi il y a du mal dans le monde si Dieu existe. Il soutient que le mal n’est pas incompatible avec l’existence d’un Dieu bienveillant et qu’il peut s’expliquer par le principe du libre arbitre et la nature finie des êtres humains.
- Histoire de la philosophie ancienne (1921) :Ce livre donne un aperçu complet de l'histoire de la philosophie depuis les Grecs anciens jusqu'à la période médiévale. Thomson discute des principaux philosophes et mouvements philosophiques de cette période et analyse leurs contributions à la philosophie.
Ce ne sont là que quelques-unes des œuvres écrites par Francis Paul Thompson. C'était un écrivain prolifique et ses œuvres ont eu une influence significative sur le développement de la philosophie morale et politique.