Après la disparition d'Alison un an plus tôt, les Pretty Little Liars commencent à recevoir des messages anonymes d'un nommé « A » qui menace de révéler leurs plus sombres secrets. Alors que les filles tentent de découvrir qui se cache derrière ces messages, elles commencent à découvrir des vérités enfouies depuis longtemps et font face à un danger qui menace leur vie. Ils doivent travailler ensemble pour percer le mystère de la disparition d'Alison et démasquer l'identité de « A » avant qu'il ne soit trop tard.
Au cours de la série, les Liars approfondissent les secrets et les drames complexes de leur propre vie et de leurs relations avec leurs intérêts amoureux, leurs amis et les membres de leur famille respectifs. À travers des rebondissements et des alliances inattendues, "Pretty Little Liars" tisse une toile passionnante de mystère, de suspense et d'amitié alors que les filles affrontent leur passé, exploitent leurs forces et affrontent les forces qui les hantent depuis le début.