Tout au long du roman, Jim et ses amis, dont le Dr Livesey et Squire Trelawney, se lancent dans un périlleux voyage pour trouver le trésor avant l'équipage de Silver. Le conflit s'intensifie à mesure qu'ils font face à divers obstacles, notamment des tempêtes, un terrain dangereux et des affrontements avec les pirates. L'affrontement ultime se produit lorsque les pirates se mutinent et tentent de prendre le contrôle du navire, conduisant à une bataille décisive entre Jim et ses alliés contre Silver et ses hommes.
À la base, le conflit dans « L'Île au Trésor » est motivé par la recherche de la richesse et de l'avidité, ainsi que par la lutte pour le pouvoir et le contrôle. Les motivations et les désirs des personnages les mettent en contradiction les uns avec les autres, créant du suspense et de la tension au fur et à mesure que l'histoire se déroule. De plus, le conflit met en lumière le thème du bien contre le mal, puisque Jim et ses amis représentent l'honnêteté et la loyauté, tandis que Silver et son équipe incarnent la tromperie et la trahison.