Voici ce que nous savons de sa production musicale :
* Il était avant tout un musicien d'église. C'est probablement la raison pour laquelle la plupart de ses compositions étaient destinées aux services religieux, comme les cantates, les motets et les œuvres pour orgue.
* On pense qu'il a écrit plusieurs cantates et chorals. Malheureusement, aucun d’entre eux n’a été conservé.
* Il a également écrit quelques morceaux pour clavier. Certains d'entre eux existent encore, notamment "Allein Gott in der Höh sei Ehr" et "Christ lag in Todesbanden", qui sont considérés comme les premiers exemples de musique d'orgue baroque.
Il est essentiel de se rappeler que notre connaissance de l'œuvre de Johann Christoph Bach est très limitée en raison du manque de manuscrits survivants. Il est donc impossible de fournir une liste exhaustive de ses compositions.
Cependant, les œuvres survivantes offrent un aperçu précieux de l’environnement musical dans lequel Johann Sebastian Bach a grandi et a été influencé.