La cause exacte de sa mort est inconnue, mais il aurait été une crise cardiaque En raison des conditions difficiles qu'il a endurées. Il a été retrouvé mort près de sa tente et son corps a été enterré sous un neige.
Il est important de noter que la théorie de la dérive continentale de Wegener, qu'il a proposée en 1912, n'a pas été largement acceptée de son vivant. Il est décédé un scientifique relativement inconnu, mais sa théorie révolutionnaire s'est finalement prouvée, et il est maintenant considéré comme l'une des figures les plus importantes de l'histoire de la géologie.