Séguy est né à Toulon, en France, le 1er juillet 1877. Il se passionne très jeune pour l'histoire naturelle et commence à collectionner des insectes à l'âge de 12 ans. Il étudie la médecine à l'Université de Montpellier et obtient son diplôme en 1902.
Séguy débute sa carrière comme médecin militaire, mais il se consacre bientôt à l'entomologie. Il a travaillé au Muséum national d'histoire naturelle de Paris de 1906 jusqu'à sa retraite en 1942. Pendant son séjour au musée, il a conservé la collection de Diptères et a publié de nombreux articles et livres scientifiques sur le sujet.
Le principal domaine de recherche de Séguy était la famille des Muscidae, et il est devenu un expert mondial de ce groupe. Il a décrit plus de 1 000 nouvelles espèces de Muscidae et publié plusieurs monographies et catalogues sur la famille. Il a également travaillé sur d'autres familles de Diptères, notamment les Tephritidae, les Conopidae et les Cecidomyiidae.
Outre ses travaux scientifiques, Séguy était également membre actif de plusieurs sociétés scientifiques, dont la Société entomologique de France et la Royal Entomological Society of London. Il reçoit la Médaille Linnéenne de la Linnean Society de Londres en 1939 et le Prix Constant de l'Académie des sciences de Paris en 1949.
Séguy est décédé à Paris le 23 octobre 1951, à l'âge de 74 ans. C'était un entomologiste prolifique qui a apporté d'importantes contributions à l'étude des diptères, et ses travaux sont encore largement cités par les scientifiques aujourd'hui.