- Médaille Newbery de fiction en 2005 pour The Spiderwick Chronicles
- Prix Eisner du meilleur scénariste/artiste en 2006 pour The Coldest Girl in Coldtown
- Prix Edgar du Meilleur Jeune Adulte en 2011 pour White Cat
- Prix Nebula du meilleur roman en 2012 pour "La Fille qui buvait la lune"
- World Fantasy Award du meilleur roman en 2019 pour Le Prince Cruel