- La médaille Garvan-Olin de l'American Chemical Society (1983) :Ce prix prestigieux récompense des réalisations exceptionnelles dans le domaine de la chimie.
- La Médaille Tolman de la Section Californie du Sud de l'American Chemical Society (1985) :Ce prix est décerné à une personne qui a apporté des contributions significatives au domaine de la chimie.
- The American Association for the Advancement of Science (AAAS) Fellows Award (1987) :Ce prix est décerné à des personnes qui ont apporté des contributions exceptionnelles à l'avancement de la science.
- Prix de la femme de l'année de l'Organisation nationale pour les femmes (NOW) (1990) :Ce prix récompense les contributions significatives des femmes dans divers domaines.
- Prix L'Oréal-UNESCO Pour les Femmes et la Science (2005) :Marie Daly était l'une des cinq lauréates de ce prix qui récompense les réalisations exceptionnelles de femmes dans la recherche scientifique.
- La Médaille Nationale de la Science (2005) :Il s'agit de l'une des plus hautes distinctions décernées aux scientifiques aux États-Unis, en reconnaissance de leurs contributions exceptionnelles dans ce domaine.
Les réalisations et l'impact de Marie M. Daly dans le domaine de la chimie ont été largement reconnus et célébrés, et ses prix témoignent de ses réalisations et contributions exceptionnelles.