L’intrigue de Monsters University est la suivante :
James P. "Sully" Sullivan et son meilleur ami, Michael "Mike" Wazowski, sont acceptés à la Monsters University. Ils veulent tous les deux rejoindre Roar Omega Roar (ROR), la plus grande fraternité effrayante, mais ils sont rejetés parce qu'ils ne sont pas assez effrayants. Ils rejoignent Oozma Kappa (OK), une fraternité composée d'inadaptés et de parias. Sully et Mike deviennent des amis proches et apprennent à travailler ensemble. Ils apprennent également que faire peur n’est pas la chose la plus importante dans la vie; l'amitié et le travail d'équipe sont plus importants.